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由于事业单位的特点以及国家对事业单位的管理在一些方面仍有别于企业，所以应用于事业单位的聘用合同与狭义劳动合同（企业劳动合同）有一定的区别，主要表现在以下方面：
1、适用范围不同。狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。
2、政府干预的程度不同。市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。国家在一些重要方面对事业单位仍实行宏观管理，主要表现在以下方面：
（1）编制管理。由国家核拨经费的事业单位仍实行严格的编制管理。
（2）经费管理。如教育系统的中小学，基本是由国家全额拨款的。这些单位尽管对新录用人员通过聘用合同的形式，但其招生计划、教学计划及教师的工资福利等都是按照国家有关规定进行的。
（3）工资制度。事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。因此，事业单位与聘用人员订立聘用合同的内容不仅反映该事业单位的意志，也应当体现国家宏观管理的内容。
3、管理监督部门不同。按照国务院各部门的职能分工，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。
4、聘用合同的具体制度体现事业单位的性质和特点。聘用合同制度作为事业单位用人制度改革的基本形式，标志着我国事业单位人事管理由完全的行政管理方式向契约管理方式的转型。
